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Distancia Transposicao Atraves da Transformacao em Permutacao Simples
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Biologia Computacional é uma área da Cięncia da Computaçăo que tem por objetivo o estudo e aplicaçăo de técnicas e ferramentas computacionais aos problemas da Biologia Molecular. Dentre os problemas pesquisados, encontra-se o de evoluçăo molecular, onde săo estudados métodos para comparar sequencias de espécies distintas, baseados em eventos mutacionais. Estes métodos geram medidas de distância, que podem ser empregadas para verificar o relacionamento em termos evolutivos entre dois organismos. Uma técnica de computar distância é comparar blocos, formados por um ou mais genes, de genomas de dois organismos. Neste trabalho propomus a implementaçăo da recente estrutura de dados de Feng e Zhu chamada de árvore de permutaçăo, que melhora o tempo de execuçăo para realizar transposiçőes em uma permutaçăo. O algoritmo 1,5-aproximativo de Hartman e Shamir para ordenaçăo de uma permutaçăo por transposiçőes possui complexidade de tempo O(n3/2vlogn). Utilizando a árvore de permutaçăo, implementamos o algoritmo com complexidade de tempo O(n log n).
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