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La sensibilité au gluten est considérée comme une maladie intestinale auto-immune complexe qui affecte l'intestin grêle chez les personnes ayant une prédisposition génétique à la maladie. On pensait que la maladie de sensibilité au gluten résultait d'une réponse immunitaire inappropriée de la cellule T moyenne contre la protéine du gluten, la lésion de la muqueuse intestinale se traduisant par la formation de quelques villosités de succion, et l'apparition de la maladie de sensibilité au gluten est clairement établie en fonction de l'âge de la maladie, de la période d'apparition de la maladie et de l'apparition de kystes dans l'intestin grêle.
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